Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?...

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Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !...

Au cours d'une mission, l'équipe de Naruto, Sakura et Saï, encadrée par Yamato, doit se rendre au Pays du Vent, dans les ruines de la ville de Rôran. Là-bas, ils doivent protéger le sceau enfermant la source des pouvoirs de Mukade. C'est alors que notre héros se retrouve aspiré dans le passé. Il y rencontre Sâra, reine de Rôran ainsi que de mystérieux ninjas originaires de Konoha. L'un d'eux ressemblant étrangement au Quatrième Hokage... Ils lui apprennent que Mukade est arrivé ici six ans avant lui et qu'il n'est autre que le conseiller de la reine. La seule solution pour que Naruto puisse revenir dans le présent est de le vaincre. Mais il n'y arrivera pas tout seul......

Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la magie - appelés démons - qu'ils croient responsable du retour de Yamata-no-Orochi. Une légende parle de la venue d'un être pur qui combattera le démon et Jun est accueilli comme l'enfant héros de la prophécie.Tiraillé entre les seigneurs de Kyōto et le clan des démons représenté par la jeune Mizuha, le jeune garçon devra faire des choix et répondre à cette épineuse question : les Hommes et les Démons ne peuvent-ils pas coexister ?...

Au début, Sacha et ses amis libèrent leurs Pokémon pour qu'ils puissent jouer. Mais pendant qu'ils jouent, Dedenne s'absente du groupe et se retrouve dans une cave abandonnée remplie d'objets mystérieux. Il est rejoint par Pikachu. Ils trouvent une clé qui attise la curiosité d'un Trousselin sauvage. Celui-ci utilise la clé pour ouvrir un portail vers un autre monde, lui même connecté à une multitude d'autres via des portails. Les clés collectées par Trousselin permettent d'ouvrir les accès. Les Pokémon du Pokégroupe se retrouvent embarqués pour visiter ces endroits mystérieux. Durant leurs aventures, il débouchent dans un endroit gelé où ils rencontrent un Ptyranidur, un Amagara et même un Jirachi. Après un quiproquo, les groupes se lient d'amitié mais le portail permettant de rentrer s'affaiblit. Les Pokémon prennent des risques et finissent par rentrer sains et saufs. Trousselin dit adieu à ses nouveaux amis et le portail vers son monde se referme....

Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie....

Dans le Royaume des Diamants souterrain, où de nombreux Strassie vivent, le Pokémon fabuleux Diancie en est le chef. Le Cœur de Diamant qui assure la pérennité du royaume s'éteint peu à peu et Diancie n'est pas encore suffisamment forte pour en créer un nouveau. Alors qu'elle recherche l'aide du Pokémon légendaire Xerneas, Diancie rencontre un groupe de voleurs voulant s'approprier sa capacité à créer des diamants et qui, par la même occasion, réveillent le Pokémon légendaire Yveltal et le tirent de son cocon ! Sacha et ses amis vont-ils parvenir à aider Diancie à découvrir son vrai pouvoir, arrêter la rage destructive d'Yveltal et sauver le Royaume des Diamants ?...