Le film reprend la série, en adoptant cette fois le point de vue d'un nouveau personnage : Kazane Hiyori, secrètement amoureuse de Tomoki Sakurai. Elle est timide et n'ose pas l'approcher directement, elle va alors rejoindre le club de recherche du nouveau monde dont Tomoki et ses amis font partie. Elle participe ainsi aux activités du club et y prend même plaisir, mais un terrible accident va survenir…...

Tomoki continue de vivre sa vie comme si de rien n'était avec à ses côtés Nymph, Ikaros et Astraea. Mais un jour, il apprend la vérité sur ce que signifie son rêve et ses implications. Il doit alors retourner sur ce « Nouveaux Monde », et combattre pour protéger tout ce qu'il a de précieux. Car ce n'est plus seulement lui qui est pris dans toute cette histoire, mais le monde entier tel qu'il est…...

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