Un criminel a posé une bombe dans le train Shinkansen 109. La bombe explosera si le train descend en dessous de 80 km/h, à moins que la rançon demandée ne soit payée....

Tandis que Toma et Sebumi enquêtent entre autres sur la disparition de Satoko, de grandes manœuvres se préparent dans l'ombre. Une organisation regroupant les puissants de ce monde est en train de mettre en place son Simple Plan pour tenter d'éradiquer de la surface de la planète tous les individus disposant de SPEC. Mais ce n'est rien à côté de ce que fomentent le mystérieux Sekai et sa comparse, qui prévoient eux carrément la fin de toute l'humanité. Toma est la seule à pouvoir sauver le monde, mais pour cela elle va devoir faire des sacrifices....

SPEC: Close - Reincarnation est la suite directe de SPEC: Close - Incarnation, le film ayant seulement été coupé en deux parties pour des raisons d'exploitation. Le synopsis ci-dessous contient donc des révélations sur la trame du volet précédent. La mort de Nonomura ne sera pas vaine. Grâce à son sacrifice, Toma commence à comprendre le fonctionnement du Simple Plan et découvre la véritable identité du Professeur J. Mais le temps presse, le Japon et même le monde sont sur le point de s'écrouler. Toma va devoir utiliser ses pouvoirs cachés pour tenter de prendre le dessus lors de son face-à-face avec Sekai....

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Une troupe de militaires réalise des manœuvres et se retrouve entraînée vers un glissement dans le temps suite à une déformation de l'espace temps... Cette armée équipée de jeeps, d'un char, d'un hélicoptère et d'un patrouilleur, atterrit 400 ans en arrière, dans le Japon féodal du XVIe siècle......

Saya Toma est une femme détective avec un QI de 201. Takeru Sebumi est un détective de carrière distingué. Ils travaillent sur des affaires spéciales impliquant des criminels ayant des pouvoirs "SPEC". Lorsque des corps sont retrouvés sur un bateau de croisière, Saya Toma et Ryo Kase sont appelés pour résoudre l'affaire....

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Un an après l'affrontement entre les détectives Saya Toma, Takeru Sebumi et Satoshi Chii. Takeru Sebumi revient après une pause due à ses problèmes oculaires. Kenzo Ichiyanagi est nommé chef de section, tandis que Kotaro Nonomura est rétrogradé. Un nouveau membre, Shu Kikkawa, rejoint l'équipe....

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Hisashi Tanaka est un étudiant en médecine dans la préfecture d'Hokkaido au Japon. Il fait du bénévolat et fait la connaissance de Yasuaki Kano à l'hôpital. Yasuaki Kano souffre de dystrophie musculaire depuis l'âge de 12 ans. Yasuaki Kano a ses manières excentriques, comme de sortir de l'hôpital et de dire qu'il veut manger une banane tard le soir. Hisashi Tanaka pense que Yasuaki Kano est une personne adorable. Yasuaki Kano a le béguin pour Misaki Ando, une volontaire. Il demande à Hisashi Tanaka d’écrire une lettre d’amour pour lui, mais Misaki Ando est la petite amie de Hisashi Tanaka....

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À la station thermale de Tanohara dans la préfecture de Kumamoto, Tora fait de grands discours sur "la voie de l’homme" à Tomekichi (Tetsuya Takeda), un jeune homme du coin maladroit avec les femmes. Cependant, n’ayant pas d’argent pour payer son hébergement, Sakura vient le chercher ce qui ne manque pas de lui déplaire. Il passe ensuite ses journées à réfléchir à la meilleure façon de reprendre sa vie en main jusqu’à ce qu’il s’éprenne de Nanako Beni (Nana Kinomi), camarade de classe et amie d’enfance de Sakura et danseuse de revue dans la troupe SKD (Shochiku Kageki Dan / Revue de théâtre Shochiku), dont il va quotidiennement voir le spectacle. De son côté, Nanako se pose sérieusement la question de savoir si elle doit continuer à se produire sur scène, ou bien se marier et prendre sa retraite....

L'inspecteur Mikami a souvent été décoré pour ses exploits. Mais cet homme au-dessus de la vulgarité du monde ne peut s'empêcher de ressentir la même solitude que ceux qu'il a inculpés....

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Saya Toma a perdu ses parents et son jeune frère dans un accident d'avion alors qu'elle était lycénne. L'inspecteurchargé de l'enquête lui dit alors : "Il est fort probable que votre famille ait été tuée par des gens qui ont un pouvoir SPEC." Saya Toma, qui n'a jamais oublié les propos du détective, décide de devenir détective. 6 ans plus tard, elle retourne au Japon après avoir été formée par le FBI aux États-Unis. Saya Toma est assignée à travailler sur des affaires non résolues au sein du Bureau de la sécurité publique....

Un épisode spécial avec les acteurs de Strawberry Night, divisée en 5 histoires....

Un ancien ami de la fac vous contacte après de longues années pour vous inviter à une partie de pêche. Le jour de votre rencontre, il vous paye un McDo et propose de le manger vite fait dans sa voiture. Juste en arrière de vous, sur le boulevard principal, il y a le cortège du premier ministre qui passe, et qui d'un coup, est l'objet d'un attentat. Et là, votre ami vous annonce calmement alors que vous êtes en train de manger : Tu viens de tuer le premier ministre......

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