Une nuit, une tornade aux couleurs de l'arc-en-ciel avala le monde. Haruto et Koyomi se retrouvent propulsé dans un monde où n'importe qui peut utiliser la magie. Dans ce monde, Magic Land, la magie et la science ont évolué simultanément. Haruto rencontre alors un jeune garçon du nom de Shiina qui a perdu sa mère lors de la tornade. Afin de découvrir la vérité, ils décident de se rendre au "Château d'Émeraude" rencontrer le "Magicien d'Or" qui semble être à l'origine de la tornade....

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L’histoire suit la jeune Tachibana Mei (Haruna Kawaguchi), une lycéenne solitaire. Un jour, elle blesse le garçon le plus populaire de l’école, Yamato Kurosawa (Sota Fukushi). Mais pour une raison inconnue celui-ci semble bien l’aimer et devient son ami. En plus de protéger Mei d’un harceleur, Yamato lui donne son premier baiser....

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Hasumi Seiji est un professeur d'anglais adoré par ses élèves, qui le surnomment affectueusement Hasumin, et respecté de ses collègues et de sa hiérarchie qui s'appuie souvent sur lui pour régler les différents incidents qui surgissent au sein du lycée. Mais derrière ce masque d'homme parfait se cache en fait un dangereux psychopathe prêt à tout pour faire tourner les choses à sa convenance. Capable d'élaborer les plans les plus machiavéliques pour éliminer les personnes qui le gênent, il se retrouve piégé par l'escalade de violence qu'il a lui-même initiée. Il ne lui reste alors plus qu'une seule solution pour s'en sortir : massacrer tous ses élèves....

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SWORD est toujours divisé en cinq gangs : L'Association Sannoh, les White Rascals, le Lycée Oya, Les Rude Boys et Daruma Ikka. Cependant, Mighty Warriors et Doubt prennent de l'ampleur, ce qu'ils doivent à un homme énigmatique et insaisissable nommé Lee. Alors que Kohaku trahit son passé et décide de mettre à genoux SWORD, les différentes bandes subissent des attaques simultanées. La Rue sans Nom des Rude Boys brûle, alors que les quatre autres groupes sont attaqués par des vandales et des membres de Mighty Warriors. Les gangs de SWORD se rendent au QG des Mighty Warriors, et mettent de côté leurs rivalités passées afin de se venger....

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