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Renvoyé de son poste de négociateur au FBI, Jack Bender cherche un nouvel emploi dans le privé. Après avoir passé un entretien d'embauche à New York, il prend le vol 732 pour rentrer en Californie. Son avion est détourné par des pirates de l'air qui réclament la libération de leur chef, Silas Jensen, un extrémiste que Bender avait mis sous les verrous. Mais les malfrats ne se contentent pas de cette exigence. Ils mettent à l'écart certains passagers, les dirigeants d'une grande banque, et exigent une rançon d'un milliard de dollars. Pendant ce temps, au sol, des membres du groupuscule de Jensen procèdent à des enlèvements ciblés......

En récompense de leur aide, Lilo, Stitch, Jumba et Pleakley sont envoyés dans quatre coins de paradis de la galaxie. Le Dr Hamsterviel s'évade alors de prison et force Jumba à créer Leroy, le jumeau maléfique de Stitch, qui est ensuite cloné pour former une armée. Lilo rassemble Stitch et leurs amis pour faire face. Ils découvrent dans l'adversité que le lien qui les unit est plus fort que tout....