Après une catastrophe écologique, la terre se trouve séparée en 2 mondes inversés ignorant tout l'un de l'autre. Dans le monde souterrain, Patéma, 14 ans, adolescente espiègle et aventurière rêve d'ailleurs. Sur la terre ferme, Age, lycéen mélancolique, a du mal à s'adapter à son monde totalitaire. Le hasard va provoquer la rencontre des 2 adolescents en défiant les lois de la gravité....

Alors qu'un garçon courageux, mais dépourvu de pouvoirs magiques, rêve de devenir empereur-mage, quatre anciens empereurs-mages reviennent pour anéantir le royaume de Clover....

« Mon objectif est détruire ce monde ! » Shin perd le contrôle de son Geass. Akito est résolu à l'affronter dans un ultime combat fratricide. L'unité wZERO a certes réussi à réduire les troupes euro-britanniennes de deux tiers grâce à la bombe larguée par Yukiya, mais elle est toujours en position de faiblesse, recluse dans le château de Weisswolf. Ashley, un ancien ennemi de l'unité, change de camp et vient leur prêter main forte. Avant de partir pour l'ultime combat, Akito coupe sa tresse et la donne à Leila. Quand les âmes sont unies, le secret de l'avenir est mis à nu. Le futur qui les attend sera-t-il celui de l'espoir ou du désespoir ? La bataille de la destinée touche à sa fin. Voici venir la conclusion de Code Geass - Akito the Exiled !...

La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité « W-Zero », dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito. Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia. Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château ?...

L’histoire débute lorsque l’armée de Britannia cherche à envahir l’Europe. Sur le bord de la défaite, l’armée de l’UE constitue une division spéciale sous le nom de W-Zero, dont le mystérieux pilote, Akito Hyuuga, est membre. À la tête de cette unité, Leila Malkal, une aristocrate originaire de Britannia qui s’est engagée dans l’armée. Suite à une mission qui a coûté la vie à 99 % de l’unité W-Zero, Leila doit maintenant recruter de nouveaux soldats pour affronter les partisans de l’Empire Britannia…...

Après avoir forcé l'ancien chef des chevaliers à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité « W-Zero » tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son pouvoir du Geass, à repousser l'assaut adverse… Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St Petersbourg avec à son bord un homme dont le visage reste caché. Qui est donc ce mystérieux personnage ? Akito arrivera-t-il a déchaîner son pouvoir du Geass contre son frère ?...