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En 2059, cinq décennies après le conflit de la première guerre de l'espace, la 25e flotte de colonisation à très longue distance, voyage à travers la galaxie vers un nouveau paradis qu'elle appelle sa maison. Cependant, elle est en guerre avec un étrange ennemi appelé Vajra. Ozma Lee, le chef du S.M.S. Skull Team qui combat le Vajra en première ligne, rencontre un jour une forme de vie mystérieuse, différente même du Vajra. Cette mystérieuse forme de vie laisse une vidéo d'archive de la flotte de colonisation Macross 7 avec Ozma, Ranka et Sheryl....

Après avoir frôlé l'extinction lors de la guerre contre les Zentradiens, l'humanité a pris conscience de la précarité de son existence et les instances internationales ont décidé de lancer un programme d'expansion et de colonisation spatiale. En 2059, la vingt- cinquième flotte d'expansion, Macross Frontier, continue son voyage à travers l'univers. C'est sur ce méga vaisseau colonisateur que débarque la méga star Sherryl Nome pour s'y produire en concert. Alto, jeune élève pilote de l'académie, offre deux places à son amie Ranka, grande fan de la chanteuse. Alors que toute l'attention de la colonie est tournée vers le concert-évènement, une forme de vie extraterrestre se manifeste non loin de là et menace la quiétude des colons…...

La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision...

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Un court-métrage projeté en parallèle de Gekijōban Macross Delta: Zettai Live!!!!!!....

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