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L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente....

2012, cinq heures avant la destruction de la Terre par une comète, la population nippone s'est réfugiée pour éviter l'annihilation, mais un homme erre seul dans les rues. Dans un magasin de disques encore ouvert, il tombe sur un duo d'inconscients, qui discutent du groupe punk Gekirin et de leur morceau culte Fish Story. Insouciant du danger, le patron de la boutique est affirmatif : cette chanson peut sauver le monde. Mais comment ? Débute alors une série de flashbacks, retraçant la création et les conséquences incroyables de ce titre…...