Dans le Japon médiéval, le samouraï Tadamori gagne l'estime de la cour impériale en l'aidant à lutter contre les grands temples de Kyoto. Son fils Kiyomori, qui parvient à déjouer un complot dont il est l'objet, va se révolter contre la cour, qui méprise les hommes de guerre....

Osen, une ancienne prostituée brisée par le temps et à demi folle, est assise dans la salle d'attente d'une petite gare noyée sous la pluie. Dehors, Sokichi, un médecin, attend lui aussi le train sans qu'elle ne le remarque....

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Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix......

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À la fin du XVIe siècle, sur les rives du lac Biwa, les guerres féodales font rage. Le potier d’un village, Genjuro, et son beau-frère Tobei décident de rejoindre la ville, l’un rêvant de faire fortune, l’autre de devenir samouraï. Sur un marché, Genjuro rencontre la princesse Wakasa qui s’émerveille devant ses créations. Elle l’invite dans son château : ils deviennent rapidement amants, jusqu’au jour où Genjuro découvre que la princesse est un fantôme…...

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Après l'injuste condamnation à se faire hara-kiri infligée à un jeune samouraï, quarante-sept de ses compagnons le vengent en se faisant à leur tour hara-kiri sur sa tombe....

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