A FernGully, Crysta s'amuse avec trois bébés animaux. Pendant ce temps, Pips et les scarabées mettent la pagaille comme à leur habitude et l'elfe se fait alors la réflexion qu'il commence à se lasser de leur chère forêt où chaque jour se ressemble. Mais c'est sans compter sur l'arrivée de deux braconniers, Mac et son Boss, accompagnés de leurs deux molosses, Mordant et Féroce. Ces derniers enlèvent les bébés animaux avant d'accidentellement incendier une partie de la forêt et de s'enfuir. Pips est alors décidé à se rendre dans le monde des humains pour trouver les bébés et les ramener. Il part pour cette mission guidé par Batty, la chauve-souris qui connait les humains mieux que personne à FernGully, et accompagné des scarabées. Pips va découvrir le monde des humains et se lier d'amitié avec une jeune acrobate qui vit avec son grand-père, Budgie. De son côté, Crysta recueille un pauvre Féroce blessé et abandonné par son maître lors de l'incendie et entreprend de le ramener chez lui...