Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant......

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer......

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Zatoichi porte secours à une voyageuse en train d’accoucher et qu’un yakuza vient de détrousser. Il sauve le bébé, mais la mère meurt en prononçant le nom du père: “Sataro, à Shiobara”. Zatoichi prend le nourrisson sous sa protection, tandis qu’un mystérieux enfant l’épie, jusqu’à Shiobara où il ne trouve que la sœur de Sataro, Oyaé, harcelée par des yakuzas. Elle attend son frère, d’une province voisine, qui doit apporter l’argent destiné à payer sa dette. Quand Sataro se fait enfin expliquer les circonstances du drame, l’enfant (qui n’est autre que son fils aîné) réapparaît et accuse le masseur aveugle du meurtre de sa mère......