Vingt ans après les événements de Iron Sky, l'ancienne base lunaire nazie est devenue le dernier refuge de l'humanité. La Terre a été ravagée par une guerre nucléaire. Cependant, enterrée profondément sous le désert, existe une puissance qui pourrait sauver ce qui reste de l'humanité... ou la détruire une fois pour toutes....

Tom, le chat et Jerry, la souris n'ont plus de domicile. Ils emménagent dans un hôtel chic de New York où Kayla a trouvé un emploi. Mais pour qu'elle puisse le garder, il faut impérativement qu'elle chasse Jerry avant la réception d'un mariage......