Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?...

Au hasard de ses pérégrinations, Zatoichi passe près de Kasama, son village natal qu’il a quitté depuis vingt ans. La nostalgie le pousse à franchir les portes du village qui, à sa grande surprise, retentit de clameurs de bienvenue. Ce n’est pas lui la cause de cette effervescence, mais Shinbei, ancien du village, revenu pour payer les dettes des paysans ruinés. Pourtant, la générosité de ce marchand parvenu, qui est aussi l’ami d’enfance de Zatoichi, cache un plan crapuleux : le contrôle de l’économie locale, avec l’aide d’un clan yakuza et du gouverneur corrompu. Et Zatoichi aura toutes les peines du monde à expliquer aux paysans naïfs les véritables intentions de leur « bienfaiteur »....

Pendant l’occupation japonaise de la Corée, des héros luttent contre l’envahisseur. De retour en Chine, ils vont y continuer l’enseignement de l’hapkido. Là, ils se heurtent à une école japonaise qui n’accepte pas cet art martial....

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence......

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