La nouvelle aventure d’Indiana Jones débute dans un désert du sud‐ouest des États‐Unis. Nous sommes en 1957, en pleine guerre froide. Indy et son copain Mac viennent tout juste d’échapper à une bande d’agents soviétiques à la recherche d’une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le Professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l’ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain. Le doyen Stanforth, qui est aussi un proche ami, se voit contraint de le licencier. À la sortie de la ville, Indiana fait la connaissance d’un jeune motard rebelle, Mutt, qui lui fait une proposition inattendue....

Des scientifiques font des expériences sur des reptiles dans une petite île du Pacifique. Mais des soucis politiques obligent à délocaliser le laboratoire vers un autre endroit. Pour le déménagement, nos hommes de science vont utiliser un vieux sous-marin dans lequel seront enfermés les serpents......