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Les élèves de la classe 3-E (3-End) n'ont pas réussi à tuer leur professeur Koro-sensei durant les six premiers mois de l'année scolaire. Le festival de l'école doit leur donner de nouvelles occasions d'y parvenir. À la surprise générale, Kaede Kayano parvient presque à le tuer. Koro-sensei dévoile alors ses origines, sa relation avec la sœur de Kaede Kayano, et le rôle du docteur Kōtarō Yanagisawa....

Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal....

À l'âge de 15 ans, Suzume Yosano doit quitter sa campagne natale pour s’installer chez son oncle à Tokyo après que son père a été muté au Bangladesh. Même si elle se montre férocement contre, Suzume se verra contrainte et forcée de venir habiter dans la capitale. À peine arrivée à Tokyo et des bagages plein les mains, Suzume se retrouve perdue dans la foule et peine à trouver son train. Elle se fera alors accoster par un jeune homme qui tentera de l'aider, mais Suzume, affolée, s'enfuit. Une fois arrivée à destination, elle décide de se détendre sur un banc quand, tout à coup, elle tombe d'épuisement. À son réveil, elle se retrouve allongée dans un lit, son oncle la regardant avec inquiétude et, derrière lui, le jeune inconnu ! Celui-ci, connaissant l'oncle de Suzume, l'a aidée lors de son malaise. Le lendemain, Suzume se rend pour la première fois dans sa nouvelle école et est surprise de retrouver, encore, le jeune inconnu : il est son professeur principal !...

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Nami est une femme au foyer de 40 ans. Elle rencontre Serika, une copine de lycée, pour la première fois depuis de nombreuses années. Mais Serika est atteinte d'un cancer en phase terminale et dit à Nami qu'elle aimerait beaucoup rencontrer ses anciennes amies du club "Sunny" avant de mourir. Nami tente de rassembler les anciennes membres pour une réunion....

Akira Tachibana est une lycéenne qui travaille à mi-temps dans un restaurant. Elle est secrètement amoureuse du gérant du restaurant, Masami Kondo, un homme de 45 ans, divorcé et père d'un enfant. Pour comprendre ce sentiment qui se développe chez Akira, il faut remonter à l’époque où elle était membre du club d’athlétisme. Une blessure à la cheville lui avait alors brisé ses rêves de gloire. C’est au moment où elle était encore dans le deuil de sa passion sportive qu’elle a rencontré Masami…...

Karin Oriyama, 16 ans. Elle est au lycée et... elle est sur le point de se marier ! La personne qu'elle épouse est son premier amour Nao Tsurugi (Kento Nakajima). Il est un senior populaire au lycée. ... Karin l'aime vraiment, mais Nao ne l'aime pas du tout. Leur mariage est un secret, mais Isuzu Ebina (Yuri Chinen), qui a des sentiments pour Karin, est au courant....

Ken Kaneki est étudiant à l'université. Il est aussi à moitié goule et à moitié humain. Il agonise devant sa situation. Essayant d'éviter d'autres goules, il s'abrite au café Anteiku et passe du temps avec Toka Kirishima. Un jour, une goule, Shu Tsukiyama, apparaît au café Anteiku, il s'appelle le "Gourmet"......

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En plein dans les années 80, on suit les aventures de Mitsuhashi Takashi et Ito Shinji, deux adolescents qui jouent les caïds après avoir été transférés dans un nouveau lycée à Chiba. 3 ans plus tard, de nouveaux ennemis apparaissent devant nos deux protagonistes....

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Six lycéens coincés dans une boucle temporelle meurtrière doivent retrouver les restes dispersés d'une victime inconnue pour lever la malédiction et espérer survivre....

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