Sakai, un professeur d'université libère et se retrouve possédé par les démons du Tonnerre et de la Foudre, qui veulent contrôler le monde. Le Bureau de Recherche et de Défense sur le Paranormal envoie alors Hellboy et son équipe pour enquêter. Mais lorsque Hellboy trouve le sabre des Tempêtes, il est transporté dans le monde du Japon traditionnel. Il y rencontre des Yōkai qui veulent lui prendre l'épée......

Ancien membre de la police de Trenton, Tom Cutler se recycle comme nettoyeur de scènes de crimes, un métier honnête qui lui permet d'élever seul sa fille Rose avec la conscience tranquille. Lors de sa dernière mission, il s'aperçoit que le crime dont il a effacé les traces n'a jamais été signalé à la police. Quand Ann Norcut, la femme qui habite la maison où il vient d'intervenir, lui demande de l'aider à trouver une piste sur son mari disparu, Tom comprend qu'il a été piégé. Pour éviter de se voir impliqué dans cet assassinat, il va falloir qu'il aide Ann à découvrir la vérité. Eddie Lorenzo, son ancien co-équipier et ami, peut l'aider. Mais Tom va vite découvrir que tout le monde garde de lourds secrets....