Plusieurs années après les évènements de Gall Force, une survivante du Star Leaf (le vaisseau du premier opus) est retrouvée par ses compatriotes Solnoids. Elle découvre que leur armée a détruit la planète mère des Paranoids. Ceux-ci se regroupent, près du 9e système non loin duquel se déroula la "bataille de Chaos". Mais une nouvelle forme de vie a vu le jour sur Chaos, et une nouvelle Gall Force s'organise pour la protéger du conflit en devenir....