54 lycéennes se jettent simultanément sous une rame du métro, considéré comme un "fait divers", il s'agit en réalité d'une vague de suicides qui se répandre à vive allure dans tout le pays. Kuroda, un détective est chargé de l'enquête......

Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles......

Dans un hôpital, une petite fille se fait opérer d’urgence. Une chose non identifiée semble grossir dans son ventre, une chose vivante qui terrifie toutes les personnes présentes. Quelque temps plus tard, l'hôpital se vide de son personnel ainsi que de ses patients. Dépressions, suicides, disparitions inexpliquées. Tous semblent effrayées par cette chose née de la petite fille et maintenue au sous-sol de l'hôpital....

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Le sorcier Abe-no-Seimei est chargé de conseiller les grandes puissances du Japon médiéval à l'aide de ses pouvoirs divinatoires. Il est alors appelé par l'Empereur en personne afin de se charger de sa protection......

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