L'écolier Nobita Nobi tente d'améliorer sa vie dans le présent afin que son robot-chat, le loyal Doraemon, puisse rentrer chez lui dans le futur....

Une nuit, les méchants Yo-kai Laure et Marge volent la montre Yo-kai de Nathan Adams pour aider leur maître Lady Perpétua à empêcher les humains et Yo-kai d'être amis! Il rencontre alors Meganyan, qui lui dit que Yo-Kai sont réels. Lui et l'équipage se dirigent vers la grand-mère de Nathan, rencontrent une ombre et la poursuivent, mais en vain. Meganyan revient, demandant de retirer le bouchon dans son corps - le bouchon qui supprime son énergie......

Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie....

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Suite à sa précédente aventure, Nobita a réussi à changer son avenir pour le mieux, obligeant Shizuka à l'épouser. Pris de désespoir, il décide cependant de retourner dans le passé pour retrouver sa grand-mère adorée, elle est décédée alors qu'il était encore à la maternelle et qu'il aimait beaucoup....