Alors que la cérémonie de graduation des troisième années se terminent, le groupe µ's s'était fait à l'idée que son parcours s'arrêterait là. Effectivement, trois de leur membres qui étaient en troisième année viennent d'être gradués du lycée et n'ont donc plus le statut de School Idol : il leur est donc impossible de continuer leur activité au sein du groupe. Néanmoins, Koizumi Hanayo reçoit soudainement un message très surprenant qui marque alors le début d'un nouveau départ pour le groupe !...

« Après l'effort, le réconfort », dit-on bien volontiers. Après des siècles de bons et loyaux services, deux amis décident de s'octroyer un peu de repos parmi la population tokyoïte. Sous le nom de Mrs Saint, ils louent un petit appartement en colocation et découvrent ensemble la vie terrestre. Mais se familiariser avec la vie quotidienne, les us et coutumes, les aspects pratiques et financiers de l'humanité n'est guère de tout repos, surtout lorsque l'on s'appelle… Jésus et Bouddha !...

Le groupe de corsaires connu sous le nom de Blue Steel poursuit sa mission de livraison aux États-Unis des plans de la torpille à ogive vibrante, une arme qui pourrait faire basculer la guerre en leur faveur. Cependant, une nouvelle menace surgit de leur ennemi, la flotte écrasante du brouillard, sous la forme du "Student Council", un groupe de vaisseaux de guerre composé des derniers modèles mentaux, les avatars humanoïdes des vaisseaux, qui doivent encore affronter l'imprévisible capitaine du Blue Steel, Gunzou Chihaya....

En 2039, le réchauffement climatique a provoqué la montée du niveau des mers et la perte d'un grand nombre de territoires. En réaction, un mystérieux groupe de navires de guerre enveloppés de brume, "la flotte de la brume", est apparu aux quatre coins de l'océan et a commencé à attaquer les navires humains. Bien que l'humanité ait rassemblé toutes ses forces, elle fut totalement vaincue par la force écrasante de la Brume. Toutes les routes commerciales de l'humanité furent bloquées par la flotte de brume, leur économie politique fut détruite et la race humaine fut progressivement battue. Sept ans plus tard, le sous-marin I-401 de la Flotte des Brumes apparaît devant le cadet Gunzo Chihaya. La forme de vie humanoïde qui pilote le sous-marin, qui devrait être leur ennemie, offre au contraire ses services à l'humanité....

Maintenant que les filles travaillent à différents endroits, elles se voient bien moins souvent. Mais leur passion pour le camping ne sera jamais bien loin, notamment quand une occasion en or se présentera à elles....

Le parti de Kazuma est soudainement alerté par une lettre scandaleuse livrée par Yunyun. La lettre leur demandait de venir au village du Crimson Demon Clan. Le groupe se présente et des problèmes surgissent lorsqu'un général ennemi arrive !...

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