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Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit....

Alors que la cérémonie de graduation des troisième années se terminent, le groupe µ's s'était fait à l'idée que son parcours s'arrêterait là. Effectivement, trois de leur membres qui étaient en troisième année viennent d'être gradués du lycée et n'ont donc plus le statut de School Idol : il leur est donc impossible de continuer leur activité au sein du groupe. Néanmoins, Koizumi Hanayo reçoit soudainement un message très surprenant qui marque alors le début d'un nouveau départ pour le groupe !...

Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon....

Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes....

En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard....

Kagami Yuuki, est un heureux garçon qui s'est inscrit dans l'académie de ses rêves, et ce, en tant qu'étudiant d'honneur. Seulement, tout ne se passe pas comme prévu et le voici admis dans le dortoir... des filles! De peur de devoir quitter l'école, Yuuki décide de s'habiller comme une fille. Mais il n'avait pas prévu de partager sa chambre avec l'enseignante Kakinozaka Ayana......

Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde....

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Le cerveau artificiel géant Gilbaris tente d'éliminer toute forme de vie intellectuelle dans l'univers. Ultraman Geed affronte le dur destin d'un ennemi puissant qui résiste à la puissance de la lumière des Ultra Warriors. Ultraman Orb, Jugglus Juggler et Ultraman Zero se précipitent sur la crise ! Et les sentiments enflammés à l'intérieur de Riku réveillent la forme Ultimate de Geed - Ultimate Final !...

Yotaro, qui pensait être fils unique, retrouve sa vraie mère dont il avait été séparé quand il était petit. Après avoir été réunis, Yotaro découvre qu'il a dix-neuf sœurs, de 0 à 18 ans....

Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander....

Le monde a commencé à s'effondrer. Le déchaîné Meicoomon absorbe Tailmon, qui a subi une sombre évolution, et se transforme en l'immensément puissant Ordinemon. Conformément aux prévisions d'Yggdrasil, le monde réel est sur le point d'être englouti par le monde numérique. Pendant ce temps, l'homéostasie considère qu'Ordinemon est hors de contrôle et met en place son plan final qui englobera le monde réel. Le temps est venu pour les DigiDestinés de prendre une décision finale. Quel avenir choisiront-ils pour eux-mêmes ?...

Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays....

Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?...

Le groupe de corsaires connu sous le nom de Blue Steel poursuit sa mission de livraison aux États-Unis des plans de la torpille à ogive vibrante, une arme qui pourrait faire basculer la guerre en leur faveur. Cependant, une nouvelle menace surgit de leur ennemi, la flotte écrasante du brouillard, sous la forme du "Student Council", un groupe de vaisseaux de guerre composé des derniers modèles mentaux, les avatars humanoïdes des vaisseaux, qui doivent encore affronter l'imprévisible capitaine du Blue Steel, Gunzou Chihaya....

En 2039, le réchauffement climatique a provoqué la montée du niveau des mers et la perte d'un grand nombre de territoires. En réaction, un mystérieux groupe de navires de guerre enveloppés de brume, "la flotte de la brume", est apparu aux quatre coins de l'océan et a commencé à attaquer les navires humains. Bien que l'humanité ait rassemblé toutes ses forces, elle fut totalement vaincue par la force écrasante de la Brume. Toutes les routes commerciales de l'humanité furent bloquées par la flotte de brume, leur économie politique fut détruite et la race humaine fut progressivement battue. Sept ans plus tard, le sous-marin I-401 de la Flotte des Brumes apparaît devant le cadet Gunzo Chihaya. La forme de vie humanoïde qui pilote le sous-marin, qui devrait être leur ennemie, offre au contraire ses services à l'humanité....

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L'histoire narre les inquiétudes, les conflits et les rêves de jeunes lycéennes. Dans ce village près de la mer, Nagisa, une jeune femme âgée de 16 ans vivant dans la ville de Hinosakacho, est inquiète de ne pas trouver son propre rêve. Lorsqu'elle était enfant sa grand-mère lui racontait que la langue a une âme nommée Kotodama. Depuis un incident, elle a commencé à y croire. Un jour, Nagisa erre dans une petite station de radio abandonnée et fait semblant d'être une DJ. Ce qu'elle va enregistrer va dépasser tout ce qu'elle espérait....

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