Zatoichi est poursuivi à travers la campagne par un groupe de mercenaires. Grâce à la complicité de voyageurs, aveugles comme lui, il parvient à les semer. Plus tard, il croise la route d'une femme, épuisée sous le fardeau de l'enfant qu'elle porte dans ses bras. Charitable, Zato lui donne sa place dans le palanquin qui le transporte. Mais ses ennemis surgissent et tuent l'innocente, croyant éliminer le masseur aveugle. Zatoichi décide alors de prendre l'enfant sous sa protection, le temps de l'amener à son père. Le périple commence…...

Atteint d'une balle dans le dos, Ichi se voit prodigué des soins à titre gratuits, après qu'une femme ait payé pour lui. En la retrouvant pour la remercier, il se retrouve - une fois n'est pas coutume - pris dans une guerre entre deux clans; mais contrairement à d'autres fois, il choisit d'aider celui de sa bienfaitrice, son père étant soumis à un terrible chantage par le chef de gang adverse. Outre des hordes de gardes de corps, Zatoichi devra également affronter des mercenaires enrôlés par le camp ennemi - et le fils de son protecteur, qui n'est autre que celui qui avait tenté d'intenter à sa vie......

Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa sœur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice....

Le capitaine de police Wakabayashi doit faire face à une multiplication de meurtres étranges, car aucun témoin n'a vu l'agresseur. Seul un bourdonnement de mouche semble avoir été entendu juste avant que le meurtrier frappe ses victimes d'un coup de poignard dans le dos. Sans aucun indice, l'enquête piétine. Les investigations de Wakabayashi l'amène à découvrir que certaines victimes avaient un point commun : elles ont toutes été à l'armée au même endroit et il semblerait que des expériences militaires avaient lieu à l'époque, visant à pouvoir réduire la taille d'un humain à celle d'une mouche. Wakabayashi se demande si ces meurtres ont également un point commun avec les expériences menées par le docteur Hawakaya sur un rayon pouvant rendre invisible des objets......

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Mr Tajimaya, homme d'affaires peu regardant, veut détruire une partie d'un village (qui est d'ailleurs un lieu sacré) pour à la place y construire un bordel, malgré le mécontentement des villageois. Il a hérité de cette terre en faisant jadis affaire avec Jinbei, ex-propriétaire du lieu, lui prêtant de l'argent afin d'acheter des médicaments pour sa femme malade. Jinbei, ne pouvant payer, avait mis en effet son terrain en gage. Profitant du passage d'un magistrat religieux (et corrompu) sans qui le lieu de pèlerinage n'aurait pu être détruit, Tajimaya organise une petite fête atypique: il invite un conteur pour qu'il raconte les "100 Histoires". La tradition veut qu'à chaque histoire, une bougie soit éteinte. Et qu'à la fin de la dernière histoire, tous les convives participent à un rituel pour conjurer le mauvais sort, sans quoi des fantômes et démons apparaîtraient......

Des pilleurs de tombes réveillent par erreur un terrible démon des ruines de Babylone. Ce dernier vole alors vers le Japon où il prend l´apparence d´un haut magistrat, multipliant les actes de vampirisation. Pour tenter d´arrêter le mal, la petite fille du fonctionnaire et un jeune paysan font appel à des Yokais, des fantômes pacifistes mais terrifiants....

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Fils du vassal Takakura, le samouraï Shingo a une réputation de bretteur invincible qui lui attire les faveurs de son suzerain. Un jaloux cherche alors à désavouer Shingo en remettant en question ses origines. Mais il est accusé de diffamation et, dans un accès de rage, blesse à mort Takakura. À l'agonie, ce dernier avoue à Shingo qu'il n'est pas son vrai père et lui révèle les origines de sa naissance. Shingo devient alors un rônin (samouraï vagabond) avant d'entrer au service de Matsudaïra, un proche conseiller du shogun. Mais la guerre civile gronde et met en péril le régime shogunal…...

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Enfant, O'Kin est gravement blessée et défigurée par le Seigneur Daizen-dayu qui cherche à mettre la main sur un sabre légendaire détenu par la famille de la jeune file. Devenue adulte et épéiste de talent, O'Kin va recroiser la route de Daizen-dayu......

Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…...

De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu ; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé....

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Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…...

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