Les Boxtrolls est une fable qui se déroule à Cheesebridge, une ville huppée de l'époque victorienne, dont la principale préoccupation est le luxe, la distinction et la crème des fromages les plus puants. Sous le charme de ses rues pavées, se cachent les Boxtrolls, d’horribles monstres qui rampent hors des égouts la nuit pour dérober ce que les habitants ont de plus cher : leurs enfants et leurs fromages. C'est du moins la légende à laquelle les gens de Cheesebridge ont toujours cru....

Cette allégorie narre le voyage d'un jeune marin venu prévenir sa ville de l'arrivée du Vaisseau Noir, un navire qui a détruit son propre vaisseau. Il utilise les corps de ses camarades morts lors du naufrage pour se construire un radeau de fortune. Il s'agit de l'histoire tragique et morbide d'un homme obnubilé par deux opposés, la mort et la vie. C'est un survivant obsédé par le désir de sauver les siens au détriment de toute raison. Ce conte funèbre fait écho à celui des personnages du noir monde des Watchmen....