Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé....

...

Dans un futur proche, la terre est surpeuplée. Une loi a été instaurée : il est devenu interdit d'avoir plus d'un enfant. Pour avoir enfreint cette règle car leur premier enfant est mort, le capitaine John Brennick et sa femme, deux commandos bérets noirs, sont incarcérés dans une gigantesque prison souterraine : la Forteresse. S'évader de ce centre carcéral ultra-sophistiqué semble impossible......

...

...

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…...

Après avoir combattu courageusement pour son pays, John Triton, un Marine, est démobilisé contre son gré. Alors qu'il rentre chez lui, sa femme, Kate, est enlevée par le gang du redoutable Rome… Cette fois, John ne va pas se battre pour son pays, mais pour sauver celle qui compte le plus dans sa vie....