XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves....

Le samouraï Shinbei Uryu dénonce la corruption de son supérieur mais sa démarche est rejetée. Il est expulsé du clan. Peu de temps après, sa femme Shino tombe gravement malade et meurt. Juste avant sa mort, elle demande à Shinbei Uryu de lui faire la promesse de regagner le clan et d'aider Uneme Sakakibara. Shinbei Uryu et Uneme Sakakibara furent autrefois des amis, mais ils sont devenus des rivaux pour gagner l'affection de Shino. Uneme Sakakibara est également lié à l'exil de Shinbei Uryu....

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