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1964, une école catholique dans le Bronx.La père Flynn, un prêtre de la paroisse, entraineur de basketball, est soupçonné d'avoir fait des attouchements sur un garçon noir de douze ans.Soeur Aloysius, directrice de l'école, a des doutes sérieux sur la moralité du prêtre mais n'arrive pas à établir les preuves nécessaires à son renvoi.Quand soeur James, une soeur naïve, vient lui raconter un événement impliquant le père Flynn et un garçon de l'école, soeur Aloysius estime que ses soupçons sont confirmés. Elle part donc en guerre contre le prêtre, bien determinée à le demasquer. L'aumônier accusé va tenter de se disculper mais soeur Aoysius n'a pas dit son dernier mot. La doute s'installe. Quelles en seront les conséquences ? Et si tout cela n'était qu'un malentendu ?...

12 ans, c'est le passage délicat mais souvent cocasse de l'enfance à l'adolescence, l'âge où on commence à s'affirmer face à des parents désemparés. Dans une banlieue américaine, trois copains de 12 ans - le timide Jacob, la précoce Malee et Leonard l'émotif - quittent brutalement le monde insouciant de l'enfance suite à la mort accidentelle du frère jumeau de Jacob. Ils éprouvent des sentiments jusqu'alors inconnus : la vengeance, le chagrin devant la perte d'un ami et les premiers émois amoureux, sans pouvoir compter sur leurs parents eux-mêmes en difficulté....