Un adolescent découvre que la planète Icare est sur une trajectoire de collision avec la Terre en regardant à travers son télescope. Bafoué par l'establishment scientifique, le garçon est kidnappé et emmené dans une base secrète de l'ONU dans les Alpes japonaises. Il est immédiatement intronisé dans le programme secret dont la mission est de terminer le canon Super-Destruction Beam et de détruire Icarus. Il manque au canon un minéral spécial pour la lentille. L'équipe se dirige vers une île mystérieuse au milieu du Pacifique. Là, ils trouvent d'anciennes ruines de l'Atlantide, mais ils sont soudainement attaqués par un étrange vaisseau spatial en forme de calmar en métal....