L'histoire suit une fille nommée Akeno Misaki qui s'inscrit au lycée marin des filles de Yokosuka, Kanagawa afin de devenir l'une des sirènes bleues les plus appréciées....

A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage....

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Neo-Venezia est entré dans un long hiver. Ai, Azusa et Anya, qui s'entraînent ensemble dans le froid, visitent le musée des Ondines, sous la conduite d'Akira qui ne semble pas être comme d'habitude. Au musée, le trio rencontre la directrice, Asuka, sempai d'Akira, connue comme l'ondine légendaire d'Himeya. Toutes deux sont les héritières d'une gondole qui a été soigneusement transmise depuis la fondation de la société Himeya. Cependant, Akira révèle qu'Aika, qui devrait hériter de la gondole, n'a pas l'intention de le faire. Azusa, qui n'est pas convaincue, tente de comprendre pourquoi....