La classe de Nuke Em High est de retour, et cette fois ils sont au collège! L'usine nucléaire de Tromaville a été reconstruite et comprend maintenant l'institut de technologie de Tromaville. Situé à l'intérieur de la centrale nucléaire, Tromaville Tech est l'endroit où le Prof. Holt a mis au point des Sub-humanoids ... Des êtres vivants sans émotions, qui ont été génétiquement programmés pour effectuer des tâches secondaires...

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Jerry essaie de séduire sa petite amie Monica par hypnose, mais cela lui donne accidentellement envie d'entrer dans un couvent et de faire vœu de chasteté à la place. Jerry essaie de la faire sortir en se déguisant en prêtre et plus tard en nonne. Hélas, sa tentative de sauvetage croise la route d'un gangster qui cherche ses diamants volés cachés dans le couvent. Les choses se compliquent encore lorsque le pape lui-même décide de faire une visite surprise....

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