Dans un futur proche, les mutants et les humains ont été décimés par les Sentinelles, des robots biologiques capables de copier les pouvoirs des mutants. Seuls quelques mutants, dont Kitty Pride, Iceman, Storm et Bishop, résistent encore. Le Professeur X et Magneto décident d’envoyer Logan dans le passé afin d’empêcher le meurtre de Bolivar Trask, un scientifique américain responsable du programme d’armement dont la mort déclenchera le programme des Sentinelles. Wolverine arrive donc en 1973 afin de convaincre Charles Xavier et Erik Lehnsherr de stopper Mystique dans sa mission, une tâche qu’ils devront accomplir avec l’aide de Beast et de Quicksilver....

Lors d'une périlleuse mission spatiale, Jean est frappée par une force qui la change en l'un des mutants les plus puissants qui soient. En lutte contre elle-même, Jean Grey déchaîne ses pouvoirs, incapable de les comprendre ou de les maîtriser. Devenue incontrôlable et dangereuse pour ses proches, elle défait peu à peu les liens qui unissent les X-Men. Voici le point d'orgue de vingt années d'histoire des X-Men, et l'ultime confrontation entre la famille de mutants que nous avons appris à aimer et son pire ennemi : l'une des leurs....

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Sofia Gilchrist, agent du FACB, l'équivalent du Bureau d'Enquêtes et Analyse, profite d'un congé forcé pour accompagner son frère à Washington. Malgré une thérapie pour vaincre sa peur de l'avion, elle quitte l'appareil juste avant le décollage en y laissant son frère. Elle apprend plus tard que l'avion s'est écrasé et décide de mener l'enquête contre l'avis de ses supérieurs...

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