Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage....

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Rikiya Shoda est un ingénieur de l’Agence de l’énergie atomique japonaise. Un jour, sa femme Nanako rentre à la maison avec Ayu, une adolescente qu’elle a trouvée en ville. Un homme prétendant être son père vient pour la reprendre. Ayu lui répète que Rikiya and Nanako sont ses parents. A travers ce désaccord, Rikiya se rappelle sa jeunesse révolutionnaire....

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