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U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi....

Trois années se sont écoulées depuis que Casval, Artesia et Jimba ont fui vers la Terre et se sont réfugiés dans le château de Don Teabolo, un aristocrate et un ami de confiance des Deikuns, en Andalousie, en Espagne; Teabolo adopte les enfants et les renomme respectivement Édouard et Sayla. Après que Jimba soit tué dans une attaque à l'assassinat par des mercenaires embauchés par Kycilia Zabi, le groupe Yashima, dont le président est un bon ami de Teabolo, propose de reloger Teabolo et ses enfants à Texas Colony à Side 5: Loum. À leur arrivée, les enfants rencontrent Char Aznable, qui ressemble étrangement à Édouard. La tragédie frappe les enfants quand ils reçoivent le mot que leur mère Astraia est morte. Après la mort de Lucifer, Édouard fait ses adieux à Sayla avant de se rendre à l'académie militaire de Loum. Pendant ce temps, Dozle Zabi invite Ramba Ral à participer à un projet de développement top secret qui changera le visage de l'armée de Zeon pour toujours....

Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 « Hatte ». Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale....

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Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité....

Dans la guerre du Saint-Graal, les mages (Masters) et leurs Esprits Héroïques (Servants) se battent pour le contrôle d’une machine à vœux omnipotente. Des années se sont écoulées depuis la fin de la cinquième guerre au Japon. Aujourd'hui, des signes annoncent l'émergence d'un nouveau Saint-Graal dans la ville de Snowfield, à l'ouest des États-Unis. Les Masters et leurs Servants se rassemblent sur place......