Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu ses souvenirs. Il ne sait pas qui il est, d'où il vient, ou comment il est venu sur ses circonstances particulières. Tsugami, apparemment sans raison, se transforme en un puissant surhumain, Kamen Rider Agito , chaque fois en présence des êtres désignés par la police comme "l' Inconnu ", une race de monstres puissants qui ont causé des meurtres autour de Tokyo, ciblant certaines personnes comme leur proie. En réponse, le département de police déchaîne son arme la plus récente: la combinaison de combat Kamen Rider G3 , développée à l'origine pour lutter contre les «formes de vie non identifiées», les ennemis du n ° 4 ( Kamen Rider Kuuga ). G3 et Agito ne savent pas s'ils doivent rejoindre et vaincre les Inconnus, leur ennemi commun, ou se combattre, gardant les mystères qui les unissent....

C’est une journée ordinaire qui commence pour Shun Takahata, dont la vie est si banale qu’il s’est mis à la trouver ennuyeuse. Ce lycéen de 16 ans, plutôt discret, voit son quotidien paisible voler en éclats en même temps que la tête de son prof, en plein milieu du cours ! Lui et ses camarades de classe se retrouvent soudain otages du jeu sanglant mené par une étrange figurine... Il va lui falloir survivre ! Mais cette épreuve est-elle une punition divine, ou un cadeau ?...