En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard....

Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit....

Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon....

Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes....

Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde....

Quelque temps après le Tournoi du Pouvoir, la Terre est paisible. Son Goku et ses amis ont repris leur vie. Cependant, avec son expérience du Tournoi, Son Goku passe son temps à s'entraîner pour continuer à s'améliorer car ce dernier est conscient qu'il reste encore beaucoup d'individus plus forts à découvrir au sein des autres univers. Lorsqu'un jour, le vaisseau de Freezer refait surface sur la Terre. Celui-ci est accompagné d'un Saiyan, nommé Broly, avec son père, Paragus. La surprise de Son Goku et Vegeta est immense puisque les Saiyans sont censés avoir été complètement anéantis lors de la destruction de la planète Vegeta. Ils n'ont donc pas d'autre choix que de s'affronter, mais ce nouvel ennemi s'adapte très vite aux adversaires qu'il affronte…...

Alors que le sage Najib peine à déchiffrer les mystérieuses inscriptions ornant la lampe magique, Sana sent qu’il est temps pour elle de révéler son passé à ses compagnons. Comme en réponse à la confession de la jeune fille, la lampe révèle enfin ses secrets ! Voici nos compagnons partis en quête de la nuit en plein jour et des portes étranges !...