Kozuki Kazuya, 17 ans, lycéen à Kumamoto sur l’île de Kyūshū, a menti à ses amis à propos d’un voyage à Tokyo qu’il aurait fait. Pour ne pas avouer son mensonge, il décide de s’y rendre. Victime d’un vol, il se retrouve sans argent, et rate son avion de retour. Masami Tanaka, qui travaille à l’aéroport, décide de lui venir en aide. Débute alors pour Kazuya un étonnant voyage, fait de rencontres, lesquelles pourraient bien modifier sa vision du monde....

Une nuit, une tornade aux couleurs de l'arc-en-ciel avala le monde. Haruto et Koyomi se retrouvent propulsé dans un monde où n'importe qui peut utiliser la magie. Dans ce monde, Magic Land, la magie et la science ont évolué simultanément. Haruto rencontre alors un jeune garçon du nom de Shiina qui a perdu sa mère lors de la tornade. Afin de découvrir la vérité, ils décident de se rendre au "Château d'Émeraude" rencontrer le "Magicien d'Or" qui semble être à l'origine de la tornade....