L’histoire se déroule à la fin du 19e siècle en Europe. Une nouvelle technologie permet de redonner aux cadavres une âme artificielle pour être utilisés en tant que main-d’œuvre ou soldats appelés les nécromates. John H. Watson (qui deviendra plus tard le partenaire de Sherlock Holmes), jeune étudiant en médecine à Londres, est recruté par le gouvernement pour devenir agent secret. Il est envoyé en Afghanistan sous couverture d’infirmier de l’armée. Watson apprend que le nécromate original (The One), créé il y a plus de 100 ans par le scientifique Victor Frankenstein, est encore en vie quelque part dans le monde orchestrant dans l’ombre un complot. Le jeune Watson décide de se lancer à sa poursuite....

L'histoire se passe après la victoire de Seirin lors de la Winter Cup. Une équipe de street basketball américaine appelée Jabberwock, est invitée au Japon pour un match amical contre l’équipe japonaise, Strky. Cependant, la confrontation prend une tout autre tournure lorsque les spectateurs découvrent le jeu moqueur de Jabberwock qui prend un malin plaisir d’humilier l’équipe adverse en les faisant paraître sans valeur. Après avoir entendu ça, Aida Kagetora propose à l’équipe américaine un match revanche qui se déroulera dans une semaine, contre une autre équipe japonaise nommée Vorpal Swords. Cette fameuse équipe est constituée de la Génération des Miracles, Kuroko et Kagami avec comme coach Kagetora, Riko et Momoi....

L’histoire débute lorsque l’armée de Britannia cherche à envahir l’Europe. Sur le bord de la défaite, l’armée de l’UE constitue une division spéciale sous le nom de W-Zero, dont le mystérieux pilote, Akito Hyuuga, est membre. À la tête de cette unité, Leila Malkal, une aristocrate originaire de Britannia qui s’est engagée dans l’armée. Suite à une mission qui a coûté la vie à 99 % de l’unité W-Zero, Leila doit maintenant recruter de nouveaux soldats pour affronter les partisans de l’Empire Britannia…...