Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…...

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Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer......

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Zatoichi est hébergé par un parrain qui lui demande, comme service rendu aux yakuzas, de servir de témoin à l'exécution d'un mauvais payeur. Mais les hommes chargés de la besogne s'avèrent incapables de s'en acquitter, et c'est finalement Zatoichi qui effectue le contrat. Il découvre alors que la victime avait une sœur et que c'est en vérité elle qui intéresse le chef du clan, puisqu'il l'a promise à un riche marchand en échange d'un poste de fonctionnaire. La jeune femme veut d'abord assassiner Zato avant de se rendre compte qu'elle est en fait tombée amoureuse de lui. Désormais, le masseur aveugle doit la protéger contre un gang de yakuzas au grand complet, tout en se préparant à combattre un étrange samouraï désireux de se mesurer à lui......

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