Georgia Perry, jeune femme sportive et dynamique, pratique la navigation en solitaire. Voulant établir un nouveau record, elle se retrouve un jour, après six mois de navigation, sur une vraie mer d'huile, immobile en plein coeur de l'océan. D'étranges visiteurs ne tardent pas se présenter à elle....

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…...