U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi....

En cherchant un trésor légendaire au fond de la mer de Hokkaido, Lupin et ses acolytes ont été propulsés 500 ans en arrière, à cause d'une machine à remonter le temps appartenant à un certain Kyosuke Mamô. Pour retourner à notre époque, Lupin doit soit voler la machine, soit percer le mystère du trésor......

Lorsqu'un imitateur de Lupin est arrêté pour vol à l'étalage à Tokyo, des dizaines d'autres imitateurs convergent vers la ville pour blanchir le nom de Lupin III. Le vrai Lupin est également en ville, à la fois pour regarder le spectacle et pour voler un mystérieux objet appelé Ice Cube. Mais l'un de ces imposteurs a également des vues sur le Cube. Est-il assez bon pour battre l'original à son propre jeu ?...

Van était autrefois un valeureux guerrier du clan des Rameaux solitaires. Défait par l’empire de Zol, il est depuis leur prisonnier et vit en esclave dans une mine de sel. Une nuit, la mine est attaquée par une meute de loups enragés, porteurs d’une mystérieuse peste. Seuls rescapés du massacre, Van et une fillette, Yuna, parviennent à s’enfuir. L'Empire de Zol ne tardant pas à découvrir leurs existences, Il mandate Hohsalle, un prodige de la médecine pour les traquer afin de trouver un remède. Mais Hohsalle et Van, tous deux liés par le fléau qui sévit, vont découvrir une vérité bien plus terrible....

Dans ce film, Lupin III va enquêter sur le mystérieux enlèvement de la belle Rebecca Rossellini, vedette de cinéma portée disparue en Italie depuis quelques temps. Il va au même moment se trouver confronté à un drôle de personnage nommé « Le Comte Masqué », qui le provoque en duel : si Lupin III gagne, il pourra remporter la fortune du Comte Cagliostro....