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Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort......

Le seigneur de guerre Oda Nobunaga a fait massacrer le clan de shinobi d’Iga. Désireux de ne laisser aucun survivant, il fait traquer tout ninja qui aurait réchappé à l’annihilation, tandis qu’il poursuit son ascension vers la tête du pays. C’est ainsi qu’Ishikawa Goemon, qui avait quitté Iga pour parti vivre avec son épouse Maki et leur fils Gohei, va devoir de nouveau prendre les armes contre le véhément seigneur de guerre....

A Okamidani, les bruits qui proviennent de la montagne sacrée font craindre que ne se réveille Majin, un esprit guerrier enfermé dans une statue de pierre. Alors que se déroule une cérémonie destinée à l'apaiser, Hanabusa, le seigneur des lieux, est attaqué et tué dans sa demeure. Grâce à la réussite de ce complot, Samanosuke Odate devient le nouveau maître de la région, sur laquelle il va désormais faire régner la terreur. Le seul endroit où les enfants du seigneur assassiné peuvent désormais être en sécurité est la montagne interdite, résidence de Majin....

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Otsuya, femme rebelle et déterminée, fuit sa famille pour se marier avec Shinsuke, un simple commis, contre l'avis de ses parents qui n'acceptent pas cette relation. Les deux amants trouvent refuge chez un ami de la famille, Gonji, mais ce dernier les trahit. Il organise l'assassinat de Shinsuke pendant qu'Otsuya est vendue à la maison de geishas de Tokubei. Comme symbole d'humiliation, Seikichi, un mystérieux tatoueur, lui grave une araignée dévoreuse à tête humaine sur le dos. Petit à petit, Otsuya se laisse envahir par l'esprit du tatouage et donne libre cours à ses pulsions vengeresses......

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Un ancien militaire, réduit à travailler dans un restaurant après-guerre, devient tueur à gages pour les gangs de yakuza avec lesquels il est en contact....

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Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…...

Dix années après leur séparation, Ichi rend visite à Hikonoichi, le professeur qui lui apprît l’art du massage. Arrivé en ville, il apprend que ce dernier a été assassiné et que sa fille, Sayo, a été contrainte de se prostituer pour le compte du parrain local, Tatsugoro, afin de payer les dettes de son père. En fait Tatsugoro a trouvé un moyen efficace d’amasser fortune en prêtant de l’argent puis en faisant tuer l’emprunteur, reportant ainsi le remboursement de la dette sur les filles qui vont grossir les rangs des prostituées de ses maisons de passe. Ichi, en fréquentant une maison du jeu du clan yakuza, démasque la tricherie opérée par les croupiers. L’un d’eux, Denroku, est désigné comme bouc émissaire par le parrain avant d’être expulsé du village, devant laisser sa fille Tsuru aux mains du gang. Ichi décide de sauver Tsuru et de régler son compte au boss félon et à l’intendant qui mouille dans la combine…...

Zatoichi porte secours à une voyageuse en train d’accoucher et qu’un yakuza vient de détrousser. Il sauve le bébé, mais la mère meurt en prononçant le nom du père: “Sataro, à Shiobara”. Zatoichi prend le nourrisson sous sa protection, tandis qu’un mystérieux enfant l’épie, jusqu’à Shiobara où il ne trouve que la sœur de Sataro, Oyaé, harcelée par des yakuzas. Elle attend son frère, d’une province voisine, qui doit apporter l’argent destiné à payer sa dette. Quand Sataro se fait enfin expliquer les circonstances du drame, l’enfant (qui n’est autre que son fils aîné) réapparaît et accuse le masseur aveugle du meurtre de sa mère......

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence......

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