Japon, 2034. Des intelligences artificielles, appelées Boomers, sont présentes dans toutes les strates de la société. La « Branche », unité secrète de l'A.D. Police, a pour mission d'assurer le maintien de la paix entre androïdes et humains. Mais une organisation secrète décide de détourner des Boomers pour accomplir des méfaits criminels…...

Second film d'une trilogie compilant les 2 premières saisons de Code Geass (Code Geass: Lelouch of the Rebellion et Code Geass: Lelouch of the Rebellion R2). Le film contient des scènes supplémentaires. L'histoire débute lorsque Suzaku devient le Chevalier de Euphemia Li Britannia....