Ninagawa est un homme puissant dans la politique japonaise et avec les connexions économiques supérieures. Sa petite-fille est alors assassinée. Le suspect est Kunihide Kiyomaru (Tatsuya Fujiwara). Kunihide Kiyomaru a déjà été reconnu coupable d'avoir agressé et tué une fille il y a 8 ans. La police n'a jamais pu appréhender le suspect lors du meurtre précédent....

Prenant place après les événements de la série, les Taros et Kohana sortent du Den-Liner pour rendre visite à Ryotaro et Airi. Cependant, ils voient un mystérieux train fantôme qui était mentionné dans les légendes urbaines. Momotaros et les autres sont attaqué par deux Imagin et Kamen Rider Yuuki Skull form. Durant le combat, il est révélé que Kamen Rider Yuuki n'est autre que Ryotaro possédé par un imagin. Même avec l'aide de Kamen Rider Zeronos, les choses semblent perdues, jusqu'à ce qu'un Den-Liner bleu apparaisse avec une nouvelle figure: Kamen Rider New Den-O....

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L'histoire se passe dans le futur, après le crash d'un vaisseau alien. A-ko, une jeune fille rousse extrêmement forte et rapide, intègre, avec sa meilleur amie C-ko, la Graviton High School où elles font la connaissance de B-ko. Par la suite, elles devront affronter une race d'alien, quasi-exclusivement féminine....