Marnie Piper intègre la prestigieuse université d'Halloweentown, Witch University, dans le but avoué de devenir une merveilleuse sorcière. Contrainte par sa mère d'emmener avec elle son jeune frère, le surdoué Dylan, elle déchante vite devant les conditions de vie sur le campus. L'ambiance n'est, en effet, pas celle dont elle avait rêvée : les règles de vie y sont strictes et aucune magie n'est, en plus, acceptée. Pire, d'étranges phénomènes se produisent ça et là et n'augurent rien de bon pour la suite des évènements......

Norton et Marigold Ballard, un couple de chercheurs excentriques, se consacrent entièrement à la construction d'une machine à remonter le temps au point d'en négliger, sans vraiment s'en rendre compte, leurs charmants bambins, Eddie et Marie. Parvenus à la phase test "grandeur nature" de leurs travaux, les deux savants imaginent un protocole prévoyant de transformer le poisson rouge familial en tout premier cobaye de l'expérience temporelle. Mais rien ne se passe comme prévu......