Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se dématérialise progressivement. L’énigmatique Haku se charge de lui expliquer le fonctionnement de l’univers dans lequel elle vient de pénétrer. Pour sauver ses parents, la fillette va devoir faire face à la terrible sorcière Yubaba, qui arbore les traits d’une harpie méphistophélique....

La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d'un garçon de cinq ans, Sôsuke....

Umi est une jeune lycéenne qui vit dans une vieille bâtisse perchée au sommet d’une colline surplombant le port de Yokohama. Chaque matin, depuis que son père a disparu en mer, elle hisse face à la baie deux pavillons, comme un message lancé à l’horizon. Au lycée, quelqu’un a même écrit un article sur cet émouvant signal dans le journal du campus. C’est peut‐être l’intrépide Shun, le séduisant jeune homme qu’Umi n’a pas manqué de remarquer. Attirés l’un par l’autre, les deux jeunes gens vont partager de plus en plus d’activités, de la sauvegarde du vieux foyer jusqu’à la rédaction du journal. Pourtant, leur relation va prendre un tour inattendu avec la découverte d’un secret qui entoure leur naissance et semble les lier…...

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Deux ans après le précédent épisode, une affaire importante se produit qui a le potentiel de faire tomber l’organisation de la police toute entière. L’inspecteur de police Aoshima et ses collègues vont avoir trois jours pour tenter de démêler l’affaire…...