Au début, Sacha et ses amis libèrent leurs Pokémon pour qu'ils puissent jouer. Mais pendant qu'ils jouent, Dedenne s'absente du groupe et se retrouve dans une cave abandonnée remplie d'objets mystérieux. Il est rejoint par Pikachu. Ils trouvent une clé qui attise la curiosité d'un Trousselin sauvage. Celui-ci utilise la clé pour ouvrir un portail vers un autre monde, lui même connecté à une multitude d'autres via des portails. Les clés collectées par Trousselin permettent d'ouvrir les accès. Les Pokémon du Pokégroupe se retrouvent embarqués pour visiter ces endroits mystérieux. Durant leurs aventures, il débouchent dans un endroit gelé où ils rencontrent un Ptyranidur, un Amagara et même un Jirachi. Après un quiproquo, les groupes se lient d'amitié mais le portail permettant de rentrer s'affaiblit. Les Pokémon prennent des risques et finissent par rentrer sains et saufs. Trousselin dit adieu à ses nouveaux amis et le portail vers son monde se referme....

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Dans le Royaume des Diamants souterrain, où de nombreux Strassie vivent, le Pokémon fabuleux Diancie en est le chef. Le Cœur de Diamant qui assure la pérennité du royaume s'éteint peu à peu et Diancie n'est pas encore suffisamment forte pour en créer un nouveau. Alors qu'elle recherche l'aide du Pokémon légendaire Xerneas, Diancie rencontre un groupe de voleurs voulant s'approprier sa capacité à créer des diamants et qui, par la même occasion, réveillent le Pokémon légendaire Yveltal et le tirent de son cocon ! Sacha et ses amis vont-ils parvenir à aider Diancie à découvrir son vrai pouvoir, arrêter la rage destructive d'Yveltal et sauver le Royaume des Diamants ?...

Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?...

Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !...