Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?...

Dans un futur alternatif, après des décennies de guerre, le monde a fini par arriver à une paix durable. Mais les Terriens ont désespérément besoin de retrouver un peu d'action. Pour apaiser ses citoyens, le gouvernement met alors en place un cycle de guerres d'un genre nouveau : celles-ci seront désormais organisées par des sociétés militaires privées, dans le seul but de divertir la population.C'est alors que la dernière recrue à rejoindre les pilotes de Sky Crawlers se retrouve impliquée dans un nouveau projet militaire, visant à rendre les pilotes infaillibles......