Katsumi et Isami Minato vivent avec leur sœur et leur père. Un jour, les frères découvrent des cristaux qui transforment leur détenteur en Ultraman Rosso et en Ultraman Blu....

Quatre ans après les événements de la série, Aoi Miyamori travaille toujours chez Musashino Animation. Le studio est actuellement dans une situation délicate et notre héroïne se voit confier un projet de long-métrage. Malgré les nombreuses difficultés qui arrivent, Aoi et ses collègues réussiront-ils à finir le film d'animation ?...