Suite à l'assassinat de la Reine Malta, Lupin et Jingen infiltrent l'East Doroa dans le but de voler le trésor de Little Comet. Leur mission est un succès jusqu'à ce qu'un tireur d'élite, Yael Okuzaki, arrête Jingen. Un nouvel ennemi se tient devant Lupin et son coéquipier…...

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Lupin s'infiltre dans une exposition dédiée à l'ancienne civilisation de Shaharta pour y dérober le fameux trésor des shahartiens. Mais tout ne se passe pas comme prévu, d'autres voleurs volent le trésor avant lui et laissent sur place... un bébé. Lupin, accompagné de son nouveau compagnon, va tout faire pour retrouver ces voleurs....