Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret......

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Le matin du 4 avril 1959, Fujisawa Rokuro, un détective de la police métropolitaine de Tokyo proche de la retraite promène son chien sur les rives de la Zenpukuji à Musashinoa Tokyo. Il découvre le corps d’une jeune femme, promptement identifiée comme Ikuta Setsuko, hôtesse de l’air. Aucune trace de désordre alentour, l’apparence sereine du visage, la première impression est celle d’un suicide par absorption de drogue. L’autopsie révèle une strangulation, la victime n’était pas enceinte mais du sperme est retrouvé, qui laisse penser à un crime passionnel. Une enveloppe vide trouvée dans son sac provient de l’église Guglielmo, le courrier attenant a disparu. Incapable d’oublier la sérénité sur le visage de Setsuko, Fujisawa, pour ses derniers moments avant la retraite, demande à faire partie de l’enquète....

Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur......