Yura quitte Tokyo avec ses parents pour aller vivre à la campagne auprès de sa grand-mère. Il est scolarisé dans une école catholique et doit s’adapter à un nouvel environnement. Un jour, au milieu d’une prière, Jésus apparaît. Dès lors, tous les souhaits de Yura se réalisent....

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Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population....